Il 29 settembre del 493 l’Arcangelo appare al vescovo Lorenzo e gli dice:” Non spetta a voi consacrare la chiesa da me costruita (cioè la Grotta). Io l’ ho edificata e l’ ho consacrata…” E’ l’episodio della consacrazione.

Sino al VII° secolo Monte Sant’Angelo con il suo Santuario è in mano ai Bizantini; in seguito passò ai Longobardi (VIII-IX sec.), ai Normanni (XI° sec.) e poi agli Angioini.

Gli interventi degli angioini sono imponenti ed importanti e danno al Santuario la struttura che conosciamo oggi, e cioè creando l’ingresso con la scalinata e il campanile.

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E’ proprio nel medioevo che la Grotta è meta ininterrotta di pellegrinaggi provenienti da tutta l’Europa. Gli stessi crociati prima di partire per la terra santa visitavano l’Arcangelo, che era protettore degli uomini d’arme.

Con la conquista, però, dell’Italia meridionale da parte degli spagnoli (Aragonesi), la Basilica viene razziata.

Il XV° e il XVI° secolo sono per il Santuario il periodo peggiore della propria storia, insieme al periodo della rivoluzione francese. Vengono fuse le statue d’oro e d’argento dell’Arcangelo e nel 1528 il luogo sacro viene saccheggiato dai soldati francesi e la cittadina viene messa a fuoco.

Nel 1552 la Signoria di Monte Sant’Angelo col suo Santuario viene venduta dai Cordova ai Grimaldi.

A tutti questi saccheggi resistette la statua marmorea del Sansovino che ancora oggi è esposta nella Grotta.

Nel seicento la basilica subisce qualche intervento: viene costruito il coro, si eresse la Porta del Toro, la navata angioina si arricchì dell’altare dedicata alla visita del poverello di Assisi.

Nel 1799 le truppe di Napoleone arrivano a Monte Sant’Angelo e saccheggiano tutto e la Basilica resta completamente nuda.

In seguito, grazie a donazioni, il luogo sacro riacquisterà l’antico splendore, tanto che nel 1800 per rendere più agevole il flusso dei pellegrini venne costruito il secondo portale a sinistra di quello angioino.  

Il 29 settembre, in ricordo di una delle apparizioni, si tiene una processione nel corso della quale viene portata la spada dell'Arcangelo